В период с 1959 по 1965 годы Ленинградским (ныне Санкт-Петербургским) Университетом велись интенсивные работы по выяснению путей пролета, мест концентрации и регулярных стоянок птиц в Приладожье. В результате этих работ были обнаружены массовые скопления мигрантов на северо-восточном берегу Свирской губы Ладожского озера в районе деревни Гумбарицы. Проведенные весной и осенью 1966 года наблюдения подтвердили их наличие, а топографические особенности местности предоставили возможность организации здесь пункта массового отлова и кольцевания птиц. Коллективными усилиями сотрудников Ленинградского университета, Института Биологии КФАН и Зоологического института АН в 1968 году здесь была заложена основа Ладожского орнитологического стационара.
Десять лет работы стационара позволили понять значимость этого места в научном и природоохранном отношении. Стало очевидно, что акватория Свирской губы, его береговая зона, а также прилегающие болота и леса играют огромную роль в процессе сезонных миграций водоплавающих, околоводных птиц и сухопутных мигрантов, имеют большое значение для охраны многих редких видов животных и растений. Именно поэтому, по инициативе Ленинградского университета, территория прибрежной зоны Свирской губы и ее акватория были предложены для организации ООПТ.
В результате усилий научно-технического совета Ленинградского отделения Всероссийского общества охраны природы (ВООП), в состав которого входили энтузиасты-природоохранники университета, Ботанического и Зоологического институтов и других учреждений города Ленинграда, Решением Леноблисполкома № 145 в 1976 году на этой территории вначале был создан региональный Нижне-Свирский заказник. Однако природа заказника продолжала испытывать сильные антропогенные нагрузки. Она оставалась местом выборочных рубок леса, промысловой рыбной ловли, сбора ягод и грибов, интенсивной заготовки живицы, массового летнего отдыха туристов. Все это заставило специалистов-биологов начать готовить проект организации заповедника с более строгим природоохранным режимом. Биологический институт ЛГУ возглавил эти работы. Приказом его директора проф. В.С. Ипатова была создана проектно-изыскательская партия, в которую вошли специалисты разных профилей из разных организаций Ленинграда. Основные работы по подготовке проекта и его согласованию были выполнены А. Д. Ивашинцовым (ЛОВООП), Г. А. Носковым (БиНИИ ЛГУ), Т. А. Рымкевич (БиНИИ ЛГУ), Т. А. Поповой (ВНИИКАМ), Е. В. Барановой (ЛГУ), Д. К. Дариным (ЗИН), М. С. Боч (БИН), М. С. Барановым (СПбГУ). Большую помощь в подготовке проекта оказали Т. И. Блюменталь (зоологический институт АН СССР), В. Б. Зимин (Карельский филиал АН СССР), а в согласовании проекта на региональном уровне - О. А. Скарлато (директор Зоологического института ЛГУ).
Организация заповедника была бы невозможна без методического руководства и советов сотрудника ЦНИЛ Главохоты РСФСР Ф. Р. Штильмарка, а также всяческой поддержки руководителя отдела заповедников Главохоты РСФСР А. М. Шалыбкова. В результате коллективных усилий всех заинтересованных лиц к концу 1979 года был подготовлен и полностью согласован со всеми местными и республиканскими организациями, а также с ГосПланом СССР, проект создания Нижне-Свирского государственного заповедника, а 11 июня 1980 года вышло Постановление Совета Министров РСФСР о его создании.
