Нижне-Свирский заповедник расположен на правобережье крупной судоходной реки Свирь, а на самой заповедной территории находится множество небольших речек и ручьев, которые берут своё начало в заповедных болотах и несут воды в Ладожское озеро - огромный источник пресной воды, который образовался еще 12 тыс. лет назад после отступления последнего ледника.
В соответствии с Рамсарской конвенцией территория заповедника отнесена к водно-болотным угодьям, имеющим международное значение. Почти 5 тысяч гектар акваторий и обширные болота имеют высокую природоохранную ценность в качестве гнездовых местообитаний птиц водно-болотного комплекса, а также миграционных стоянок водоплавающих птиц.
Научными сотрудниками заповедника ведутся постоянные наблюдения за состоянием водных объектов, ведь сохранение водных ресурсов является неотъемлемой частью устойчивого развития и сохранения биоразнообразия.