Все многообразие и мозаичность биотопов заповедника создают лесные, болотные и водные экосистемы.

Лесные экосистемы представлены преимущественно сосновыми приспевающими и спелыми лесами и занимают почти две трети охраняемой территории. 

Свыше одной трети заповедной территории занято болотными экосистемами. Это прежде всего обширные верховые болота в северной и центральной частях ООПТ. В межгрядовых понижениях у Ладоги находятся преимущественно переходные болота.

Водные экосистемы представлены пресноводными озерами, реками и ручьями. Наиболее крупными в Нижне-Свирском заповеднике участками водных экосистем являются Свирская губа Ладожского озера, озеро Сегежское и залив реки Свирь – Лахта.