Охрана природных комплексов остается самой приоритетной и основополагающей задачей, стоящей на сегодняшний день перед заповедником. Согласно этой задаче на территории заповедника действует особо строгий режим: запрещена любая хозяйственная деятельность, природопользование, нахождение на территории заповедника без специального разрешения администрации.

Выполнение данных задач лежит на плечах отдела охраны территории заповедника. Кроме охранных функций, борьбы с браконьерством и обязанностей по предотвращению и борьбе с лесными пожарами сотрудники охраны осуществляют сбор первичной научной информации, сопровождают научных сотрудников, помогают в обустройстве экологических маршрутов, способствуют налаживанию инфраструктуры заповедника в целом.

Государственная инспекция охраняет не только территорию Нижне-Свирского государственного природного заповедника, но, и присоединенного в 2009 году, территорию заказника федерального значения «Олонецкий» Республики Карелия.

На сегодняшний день штат охраны представляет собой 16 сотрудников отдела с многолетним стажем работы на данной территории. В 2011 году была создана оперативная группа численностью 3 человека, оснащенная современной техникой и средствами связи для своевременного и быстрого реагирования и перемещения по территории. Для отдела были приобретены современные снегоходы, лодочные моторы, соответствующая экипировка, средства радиосвязи. На территории постоянно осуществляется наземное и водное патрулирование.